مهم ترین موارد اختلاف شیخیه با مسلمانان :
۱. معاد؛شیخ همانند دیگر مسلمانان، قائل به معاد جسمى و روحى نیست بلكه آن را روحانى مى داند و از آن به «هور قلیایى» كه نوعى جسم لطیف است تعبیر مى كند.
۲. معراج؛ شیخ احسایى مى گوید: بدن پیامبر لطیف تر از آسمان ها بود و جسم لطیف و بدن هورقلیایى او به آسمان رفت،
۳. ركن رابع؛ آنان معتقدند كه اصول دین، منحصر بر چهار اصل: توحید، نبوت، امامت و ركن رابع است. با حذف اصل معاد و اصل عدالت از اصول عقاید، آنان قائل به اصل ركن رابع شدند و مى گویند: چهارمین اصل از اصول دین، قائل شدن به ركن است كه همان شناخت شیعه كامل مى باشد، او،چه واسطه بین شیعیان و امام غایب خواهد بود و احكام را بلاواسطه از امام مى گیرد و به دیگران مى رساند.
۴. عقیده شیخیه در مورد امام عصر(علیه السلام)؛: که امام در یك عالمى غیر از این عالم مادى، سكونت دارد و از آنجا، بر همه عالم حكم رانى دارد و روزى كه خدا به او اجازه دهد در این عالم ظاهر خواهد شد
۵. غلو شیخیه در مورد ائمه اطهار(علیهم السلام)؛ آنها مى گویند: تمام ضمیرهایى كه در قرآن كریم ذكر شده است به پیامبر و ائمه اطهار(علیهم السلام) بر مى گردد نه به خدا زیرا خداوند متعال مورد اشاره قرار نمى گیرد. همچنین تمام صفات الهى به معصومین بر مى گردد.
